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微波熟食殺菌設備主要有：袋裝熟食殺菌、罐裝熟食殺菌、瓶裝熟食殺菌。微波熟食殺菌設備殺菌具有殺菌時間短、速度快、不改變原有風味等特點。
微波殺菌的原理：
微波設備在對食品進行殺菌時，微波能與食品內的細菌發生作用，對細菌膜斷面的電位分布影響細胞膜周圍電子和離子濃度，從而改變細胞膜的通透性能，細菌因此營養不良，不能正常新陳代謝，生長發育受阻礙死亡。從生化角度來看，細菌正常生長和繁殖的核酸（）和脫氧核酸（DNA）是由若干氫鍵緊密連接而成的卷曲大分子，微波導致氫鍵松弛、斷裂和重組，從而誘發遺傳基因或染色體畸變，甚至斷裂。微波殺菌正是利用電磁場效應和生物效應起到對微生物的殺滅作用。