1、燒根，燒苗，熏棵，死棵
使用發酵不到位的雞糞后，當達到合適的溫度濕度時，雞糞便開始發酵，發酵產生的熱量會燒苗、爛根、黑根、黃葉、黃化，嚴重時導致植株死亡。尤其是冬春施用雞糞安全隱患大，因為此時大棚內溫度高，雞糞發酵會散發大量熱量，導致燒根現象；果園冬春兩季使用雞糞，正值根系休眠前后，一旦燒根，將影響養分積累和來年開花結果。
2、鹽化棚內土壤，果實不開個
連年使用雞糞，土壤中存留大量的氯化鈉鹽，平均每6方雞糞含鹽分30-40公斤，而每畝地含10公斤鹽分已經嚴重制約土壤通透性和活性，固化磷肥、鉀肥、鈣鎂鋅鐵硼錳等重要元素，出現植株生長異常，花蕾稀落，果實不開個等減產現象，顯著制約了作物產量和質量的提高。因此造成了肥料利用率直線下降，一年不如一年，增加了投入成本。
3、酸化土壤，誘發各種根際病害和病毒病害
由于雞糞pH值約在4左右，屬于極酸性，會酸化土壤，致使莖基部和根部組織遭受化學創傷和嚴重破壞，雞糞攜帶的大量病毒病菌，在濕度和溫度一旦達到就會爆發病害。導致病蟲害的傳播，滋生病毒病、根腐病、疫病等病害，造成植株萎蔫，黃枯，僵苗、不開個；甚至死亡。病毒病，疫病，莖基腐病，根腐病，青枯病成為使用雞糞明顯的后遺癥。
4、滋生根結線蟲
雞糞是根結線蟲的宿營地和溫床，自身攜帶根結線蟲卵的數量為每1000克100個，雞糞中的線蟲卵極易孵化，一夜之間倍增數萬，土壤中的線蟲在有雞糞的地塊發生率提高百分之五百倍以上。線蟲對化學藥劑有極為敏感的趨避性，施藥后線蟲會迅速轉移到地下50公分- 米的深處躲避，所以很難治。尤其對于3年以上老棚，根結線蟲是致命的隱患之一。
5、帶入生素，影響農產品安全
雞飼養過程中，飼料中國含有大量機素，防治病害也會使用生素，這些都會通過雞糞帶入土壤，影響農產品質量安全。
6、產生有害氣體，熏棵、死秧
產生有害氣體，熏棵、死秧： 雞糞在分解過程中產生甲烷、氨氣等有害氣體，使土壤和作物產生酸害和根系損傷，更嚴重的是產生的乙烯氣體抑制根系生長，也是燒根的主要原因。
7、連年使用雞糞，造成根系缺氧
連年使用雞糞，造成根系缺氧：長勢不旺： 雞糞施入土壤中，在分解過程中消耗土壤中的氧氣，使土壤暫時性的處于缺氧狀態，會使作物生長受到抑制。
8、重金屬超標
重金屬超標： 雞糞中含有很高量的銅、汞、鉻、鎘、鉛、砷等重金屬，還有較多的機素殘留，造成農產品重金屬超標，污染地下水源和土壤，有機物向腐殖質轉化的時間較長，養分流失嚴重。
