有機肥品質的好壞直接影響到了肥料自身的使用效果，按照科學的鑒別方法區分有機肥的好壞不是難事。通常都采用“三看”法來鑒別有機肥的好壞：一看原料、二看工藝、三看菌量。
一看原料，俗話說“復合肥看養分，有機肥看原料”就是這個道理。目前市面上用做有機肥的原料品類較多，質量也良莠不齊，效果差別很多大。常用的有腐植酸、城市污泥、紙廠紙泥、木質素、生化制藥廠的廢棄物以及餅粕等，腐植酸類原料對土壤和根系有一定的改良作用，但對土壤中有益菌的支持作用微乎其微，因此在肥料品質上表現一般。而城市污泥、紙廠紙泥由于重金屬含量較高，若在處理過程中有遺漏，會造成作物的人為污染，造成收益上的損失。木質素類原料的有機肥雖然有機質含量較高，但由于木質素在土壤中分解很困難，用其做肥料效果可想而知。近幾年，將生化制藥廠的固形廢棄物經微生物法腐熟處理后制成的有機肥，在農業的實際生產中表現出了良好的效果，這是由于生化制藥廠用于生素生產的培養基都會加入淀粉類和餅粕類組分。這些生化后期的廢棄物，在前些年往往被用于加工飼料，鑒于食品安全的因素，后來被國家明令禁止往飼料中添加。但這些廢棄物中的成分其營養價值非常高，經腐熟處理后用做有機肥料則效果非常顯著。直接用餅粕來生產有機肥料，由于原料成本太高，目前市面上尚未發現，而標識“豆粕有機肥”的產品到底是否含有豆粕、含有多少豆粕，我們很難評判。
