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在水產養殖中，有些人喜歡用硝化細菌來調節水質，而更多的人喜歡用水產em菌來調節水質，兩者都是屬于微生物菌劑，調節水質使用是誰好誰劣呢？！其實兩種菌劑的調水效果都是非常好的，差別的也是非常小的，硝化細菌是單一種類生物菌，而em菌所包含的功能性菌群更多一些。
硝化細菌是一種好氧性細菌，包括亞硝化菌和硝化菌。生活在有氧的水中或砂層中，在氮循環水質凈化過程中扮演著很重要的角色。水中有有機污染源,凈水細菌是靠水中有機污染而存活的，如果因為水中沒有污染源存在，它們就無法長期生存。因此，在新水階段就加入細菌是否有效，是值得研討的。硝化細菌制劑是一種用于控制養殖池水自生氨濃度的處理劑，不僅使用相當方便，而且能發揮立竿見影的效果，故越來越受漁友的歡迎。使用時可直接將該劑散布于池中，不久即能發揮除銨的功效。
硝化細菌在水產養殖應用過程中存在的問題
(1)菌種變異問題。細菌在人工培養條件下,經過多次移種,若干代后,在形態、生化特性、抗原性等方面都會相應發生不同程度的變化。大多生產企業沒有很好保存菌種,而且在生產中沒有監控細菌變異的條件與技術,所以生產的成品得不到很好的質量保證。
(2)活菌濃度問題?；罹馁A存受溫度、氧環境、光照、濕度等因素影響,在貯存過程中活菌濃度逐漸下降,應用后達不到預期效果。
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